除直属监管部门食药监局外，另一个与药店息息相关的政府部门是人力资源和社会扶持局，掌握着医保药店的审批权。2015年10月，决定优先批取消62项指定地方实施的行政审批事项，其中，基本医保定点药店资格审查、基本医保缓解机构资格审查均在其中，原则上2015年底前全部取消。然而，北京医保药店的特殊政策导致政策迟迟未落地。
北京医保具有一定特殊性。北京的医保是存折，医保金与社保卡是分开的。据北京市人力资源和社会扶持局称，门诊病人在院外拿药是完全自费的，在医院看病后，如果想在医院外购药，必须凭医院出具的加盖外购专用章的才能报销。医保起付金额180优惠。
对于连锁药店来说，医保资格是保持竞争力的重要条件。老百姓大药房方面表示，地方监管部门对零售药店的营销网络拓展或商品销售等提出特殊要求，将影响公司的经营策略。连锁品牌难以入京也造成了北京药品零售市场始终处于不温不火的状态。
完善医保药店政策是连锁药店的又一呼声。据一位不愿具名的药店负责人透露，此前曾与北京市人社局相关负责人探讨过这一问题，北京医保药店的政策或在2016年6月做出调整，有望从医保定点制改为协议制。
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