2009年4月，一直被广为关注的新医改方案出台。新医改方案集中体现了政府改变公立医院“以药养医”的决心。广泛吸纳民众意见的医改方案确定了“减轻居民就医费用负担，切实缓解‘看病难、看病贵”’的近期目标，以及“建立健全覆盖城乡居民的基本缓解卫生制度，为群众提供安全、、方便、价廉的缓解卫生服务”的长远目标。零售药店纳入医改，销售网络决定受益程度。修改稿添加了“零售药店”的内容，即在“医药分开”的实现形式上，“探索公立医院门诊药房改制为零售药店等医药分开的途径”。

    医药连锁企业的增长快于连锁行业平均水平，仍然维持15%左右的增长。另外，部分企业开始加大特许加盟比例，但对加盟店的管控却比较松散。