连锁药店有着自己的直营店和加盟店，长期合作的情形下，这两者之间会存在哪些问题呢？针对这些已经出现的问题，我们应该如何避免呢？
（一）思想认识不统一、不全面
本来，连锁经营的连锁方追求的是规模效益，而被连锁方追求的是无本效益；连锁方优先被连锁方的网络、场地、门面、人力等以延伸市场，被连锁方依靠连锁方输送商品、管理方式、经营理念等抗击风波。双方原本是相互合作、相互依靠、互惠互利、缺一不可的，但在实际发展过程中，连锁方往往将自己看作主体，主宰着被连锁方，总认为被连锁方赢得的收银是自己"施舍"的。这样就造成连锁药店与直属门市之间的不公平竞争，进而导致连锁药店的热情逐渐减退。在这种片面认识的影响下，连锁药店很难得到发展，连锁经营的形式很难真正得到推广。
（二）人才奇缺且分布不均
药品实行分类管理以后，药品零售企业对从业人员专业技术水平的要求提高，因此有的药品零售企业为GSP达标，争取进入分类管理试点单位，成为定点药房，将大部分专业技术、经营管理人才统统抽调到规模较大的重点门市，致使小门市、"旁系"的连锁药店的专业技术和经营管理人才奇缺。个别连锁药店虽然有管理人员，但一个管理人员分别管辖七八个连锁分店，占线从城市拉到农村，仅送货、退货就忙得不亦乐乎，根本就顾不上管理与指导。
（三）基础设施差、规模小
目前由于我国总体经济发展水平不高，有些偏远地区的被连锁方几乎没有计算机网络，靠电话或车辆传递信息，这使得很多药店之间的连锁仅仅是形式与表象，致使连锁方无法进行整体布局与宏观调控，无法针对性地管理。个别连锁方为谋求规模效益只图连锁数量不重视质量，将营业员素质、基础设施差的药店也拉入自己的麾下，以致影响和制约了连锁总店的发展与整体素质的提高。
（四）配送中心功能不健全
不少连锁药店没有建立物流配送中心与计算机信息管理系统，因此不能及时知晓各门市缺货品种与数量，也就不能及时补充货源与调剂商品，更无法合理进货。有的连锁药店虽有配送中心，但配送中心仅起一个送货的作用，并不能起到养护商品、退换货、调剂商品、处理过期商品、失效商品的作用、为解决连锁经营在发展过程中遇到的一系列矛盾和问题，并为入世做好准备，连锁药店在发展连锁过程中应做到：
（五）树立品牌意识，加强舆论宣传
随着消费者生活水平的提高，自我保健与防范意识的增强，他们在购买药品的同时，更希望能够得到专业技术人员的讲解与指导，希望买到质优、价廉、的药品。如若能在消费者心目中树立这种形象;到北京百草堂连锁药店能购买到安全、的合格药"，将是连锁药店品牌宝贵的无形资产。
以上的五点问题充分说明了连锁药店在经营中存在的问题。只有连锁方与被连锁方面对这些问题积极改正，相信一定会避免的。
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