有一天，因为魔王蚩尤与神界之女的爱情，三界震怒，讨伐魔界。魔王蚩尤奋起反抗，几乎给三界带来灭顶之灾，一发不可收拾。三界只得同仇敌忾，将魔界驱除，一部分魔族被压在降魔塔中。另一部分则在蚩尤的带领下，退避不周山。魔界共工撞倒不周山，堵住三界去路。蚩尤为保护魔族，力抗三界，终于力竭而亡，身体化作封印，守护着不周山。三界为免除后患，将蚩尤三魂七魄分别镇压。
　　又经过数千年，人间在商末周初。天外天中的混沌邪气受到不明身份的神秘人挑拨而复生，神界面临删除灾难。而人界商周混战，生灵涂炭。妖界也受混沌邪气迷惑，为祸人间。玩家作为神界的一名小弟子，带着追踪混沌邪气的使命来到人界，却发现一切并不像自己想象的那样简单：自己跟远古便已经消亡的魔族有什么关系？三界的灾难如何收场？自己该何去何从呢？三界混乱，生灵涂炭，何去何从！
　　通天塔仙气弥漫，直通云霄的通天塔，乃是通天教主的诛仙四剑与诛仙图阵所幻化而成，诛仙四剑与诛仙图阵的本体留在通天塔内，通天塔自行衍化出通天塔掌管者——通天老祖。通天塔内自称宇宙，每层一世界，里面有许多寂静绝世的幻兽、药材。通天塔本是剑修派的专用历练之地，后来通天教主离开，吩咐通天老祖开放通天塔，供世人进入历练。
　　神殿诸神大战之时，波及到的宫殿都纷纷坠落，埋藏在地下，宫殿内困着许多来不及逃生的神兽，它们会控制着宫殿在固定的时刻升起，让有能力之人带它们出去。宫殿里有许多神们珍藏的宝物，人们想要获得宝物却无从下手，宫殿虽然坠落，但是毕竟是那些神人的宫殿，里面有着许多禁制，想要进入宫殿，就必须等到宫殿开启之日。
　　在毒火沙漠的炎帝谷深处，炎帝沉睡的地方，有一个常年冒着阴风的洞穴，没有人可以闯过洞穴的优先层，曾有仙人要探索洞穴，也只是走到了优先层的尽头，知道了下面还有一层，可是他没有继续闯下去的勇气，优先层已经让他伤痕累累，疲惫不堪。幽深洞穴，是毒火沙漠给这个洞穴取的名字，也是毒火沙漠为神秘的地方，让人想要探究的地方。

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